در جنگ‌های داخلی آمریکا، چند مرد که به دست جنوبی‌ها اسیر شده‌اند، پس از یافتن بالونی، بر آن سوار شده و می‌گریزند. در بالای اقیانوس، بالون گرفتار گردباد دریایی می‌شود و سرنشینان آن ناچار در جزیره‌ای غیرمسکونی فرود می‌آیند.

این پنج مرد که از کلیه‌ی لوازم و مایحتاج زندگی محروم‌اند، می‌کوشند تا وسیله‌ای برای مقابله با این موقعیت به دست آورند. جزیره، که آن را به اسم “لینکلن” نام‌گذاری می‌کنند، ذخایر سرشاری دارد که به تدریج در دسترس آن‌ها قرار می‌گیرد و آن‌ها خیلی زود یقین حاصل می‌کنند که نیرویی مرموز به آن‌ها کمک می‌کند.

آن‌ها پس از ماجراهای بسیار، زیردریایی معروف “ناتیلوس” متعلق به کاپیتان “نمو” را می‌یابند و پس از دیدار کاپیتان و با راهنمایی وی به میهن خویش بازمی‌گردند.