کتاب جواهرالقرآن با پیش درآمدی از امام محمد غزالی در نوزده فصل آغاز می شود. پس از پیش درآمد مولف به آیات گلچین شده قرآنی می رسیم که برگزیده غزالی است آیاتی که با نام گوهر علم و مروارید عمل مطالب کتاب را در دو بخش به کمال می رساند:

بخش نخست شامل ۷۷۹ آیه قرآن است زیر عنوان گوهر علم؛ بخش دوم شامل ۷۴۷ آیه است با عنوان مروارید عمل؛ مقصود از گوهر علم گرفتن نور معرفت باری تعالی است از آیات قرآنی. و مقصود از مروارید عمل آموختن استقامت و پایداری است بر راه دین یعنی صراط مستقیم.