توضیحات

شش ماه پس از اتفاقات نسخهٔ اول، اکنون نئو و ترینیتی معشوقه یکدیگر هستند. در ادامه داستان که نئو در یک سردرگمی به سر می‌برد که دلیل انتخاب او چه بوده‌است. البته ماتریکس ۲ موفقیت کمتری در مقابل ماتریکس ۱ داشت. داستان ماتریکس ۲ و ۳ کاملاً به هم پیوند دارد و در اصل می‌توان آن دورا یکی فرض کرد.
در ماتریکس ۲ نئو در جستجو برای پیدا کردن جواب سوالات خود به ملاقات طراح ماتریکس می‌رود. او پس از مواجه شدن با مشکلات فراوان از جمله پیدا کردن کلیدساز، ملاقات دوباره با مأمور اسمیت و مقابله با نرم‌افزاری خطرناک به نام مرویجین، بالاخره نزد طراح ماتریکس می‌رسد.

این شخص به نئو می‌گوید که تو اولین فرد منتخب نیستی و پنج تن دیگر هم قبل از تو وجود داشته‌اند. در ادامه نئو باید بین نجات زایان و نجات ترینیتی یکی را انتخاب کند. نئو ترینیتی را نجات می‌دهد و داستان تا ماتریکس ۳ دنباله پیدا می‌کند.