داستان این کتاب در اواسط قرن شانزدهم میلادی، در زمان ژوان سوم اتفاق می‌افتد. ژوان سوم، به عموزاده‌اش دوک بزرگ ماکسیمیلیانوی اتریشی، فیلی آسیایی هدیه می‌‌کند. این رمان ماجرای سفر قهرمانانه آن فیل است که سالمون نام داشت و به دلیل تمایلات شاهانه و استراتژی‌های پوچ می‌بایست اروپا را می‌پیمود.
سفر فیل کتابی تاریخی نیست، ترکیبی است از ماجراهای حقیقی و ساختگی، که همچون هر اثر ادبی بزرگ، امکان درک واقعیت و خیال را به صورتی تفکیک‌ناپذیر میسر می‌‌کند. بازتابی از انسانیت که طنز و طعنه را با شفقتی که ژوزه ساراماگو در تحلیل ضعف‌های بشری دارد، درهم آمیخته است.
ساراماگو در «سفر فیل» تلاش نمی‌کند به درون ذهن سالمون راه یابد، اما با گفتگوهایی که در سراسر کتاب آورده شده، خواننده اثر با احساسات و تمایلات این فیل آشنا می‌شود. در این رمان، مخاطب نکاتی در مورد انسان‌ها و فیل‌ها کشف می‌کند که بسیار فراتر از مرزها و طبقه‌بندی‌های بیان شده درباره موجودات جهان است.
این رمان، داستانی است که گروه‌های سنی متفاوت مخاطب آن هستند. تمرکز نویسنده در رمان «سفر فیل»، بر رفتار بشریت است که در مجرای فشارهای اجتماعی و فرهنگی، تا حد زیادی تاسف‌آور و خنده‌دار می‌شود.
ساراماگو در این کتاب با نثر چند لایه خود و ایجاد کردن احساس همدردی در مخاطب، واکنش‌هایی نسبت به طبیعت بشر نشان می‌دهد و نوعی نقد اجتماعی را مطرح می‌کند. مانند آثار قبلی این نویسنده، «سفر فیل» هم با زبان و داستانی ساده، مفاهیم عمیق‌تری از مسایل بشری را روایت می‌کند.
ساراماگو با به تصویر کشیدن این هدیه زندانی و سفرش از پرتغال تا وین در اتریش، کشوری را توصیف می‌کند که مورد حملات خشونت‌آمیز دستگاه تجسس افکار کلیسا شده و جنگ‌های داخلی و خارجی آن را از پا انداخته‌اند. نویسنده پرتغالی که پیش از این برای کتاب «انجیل تألیف عیسی» مورد حمله قرار گرفته است، این بار با لحنی هجو آمیز ادیان مختلف در قرن ۱۶ میلادی را بررسی می‌کند. این کتاب ترکیبی از تاریخ و داستان و ماجرایی حماسی و هیجان انگیز است.